Se creó en 1978 como un Acuerdo de Financiamiento Regional (AFR), en respuesta a la necesidad de Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela de contar con una institución financiera propia, que permitiera afrontar los problemas derivados de los desequilibrios del sector externo de sus economías y facilitara el proceso de integración regional. El FLAR ha evolucionado desde una estructura de pool de reservas hacia una estructura de intermediario financiero regional. Tiene acceso a su propio capital pagado y a los mercados financieros internacionales para incrementar sus fondos. Adicionalmente, el FLAR recibe depósitos de los bancos centrales, instituciones oficiales y entidades multilaterales de la región, tanto de países miembros como no miembros.